EPA heeft enkele vraagstukken. Zo is EPA niet bij alle huiseigenaren bekend, aarzelt men soms om een EPA te laten opstellen, of worden de adviezen niet in praktijk gebracht. Hierbij speelt mee dat particulieren doorgaans niet over de vereiste specialistische kennis beschikken en dat hun leveranciers (aannemers, installateurs) elkaar weleens tegenspreken ('ik zou niet doen wat mijn concurrent u aanbeveelt'). Het macro-effect van EPA valt daardoor nog tegen.